Charlot, pris pour un pickpocket, se réfugie dans un cirque et déboule sur la piste en plein spectacle. Son arrivée fait rire le public et le directeur l'engage aussitôt comme clown. Charlot devient amoureux de l'écuyère mais son rival le fait renvoyer.
Tandis que Toma et Sebumi enquêtent entre autres sur la disparition de Satoko, de grandes manœuvres se préparent dans l'ombre. Une organisation regroupant les puissants de ce monde est en train de mettre en place son Simple Plan pour tenter d'éradiquer de la surface de la planète tous les individus disposant de SPEC. Mais ce n'est rien à côté de ce que fomentent le mystérieux Sekai et sa comparse, qui prévoient eux carrément la fin de toute l'humanité. Toma est la seule à pouvoir sauver le monde, mais pour cela elle va devoir faire des sacrifices.
SPEC: Close - Reincarnation est la suite directe de SPEC: Close - Incarnation, le film ayant seulement été coupé en deux parties pour des raisons d'exploitation. Le synopsis ci-dessous contient donc des révélations sur la trame du volet précédent. La mort de Nonomura ne sera pas vaine. Grâce à son sacrifice, Toma commence à comprendre le fonctionnement du Simple Plan et découvre la véritable identité du Professeur J. Mais le temps presse, le Japon et même le monde sont sur le point de s'écrouler. Toma va devoir utiliser ses pouvoirs cachés pour tenter de prendre le dessus lors de son face-à-face avec Sekai.
Dave Anderson et Manny Durrell sont deux voleurs sournoises de grande classe qui n'a jamais été pris. Joshua Burke est un détective à la retraite qui a suffisamment de preuves sur la deux d'entre eux pour les mettre derrière les barreaux. Au lieu de cela, il propose de maintenir son silence si les escrocs vont aller tout droit et ne travailler à un centre de jeunesse pour les délinquants. Dans un premier temps, les escrocs sont réticents et ne voulant pas (et sont donc les enfants). Comme le temps passe, ils gagnent la confiance et l'admiration des enfants et ils commencent à apprécier le travail. Tout va bien jusqu'à ce que quelqu'un du passé leur dit qu'ils ont à faire un dernier hold-up ... ou bien ...
Hakodate, région d'Hokkaido. Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. En même temps, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de Hakodate. La piste mène l'enquête au "vendeur de mort", un Américain d'origine japonaise opérant comme marchand d'armes dans le bassin asiatique. Place à une chasse au trésor épique !
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".