Aux temps préhistoriques, une petite tribu d’hommes‐singes installée au milieu de rochers arides lutte difficilement pour la vie. Un matin, ils trouvent devant eux une mystérieuse dalle noire monolithique. L’un des singes touche la pierre et apprend alors à se servir d’un os de quadrupède pour tuer ses ennemis. Quatre millions d’années plus tard, en 2001, un savant de l’espace, le Dr Heywood Floyd, débarque sur la lune pour examiner une dalle noire semblable à celle des singes, qui était enterrée sous la surface de l’astre. Selon les premières observations, l’objet émettrait un signal mystérieux…
Une entité d'origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans…
À bord de l'USS Enterprise, vaisseau de la Fédération des Planètes Unies, l'amiral James T. Kirk accomplit une mission d'inspection de routine. Il reçoit un appel urgent du laboratoire spatial Regular One. Khan, brillant renégat et vieil ennemi de Kirk, s'est emparé d'un dispositif ultrasecret : le projet « Genesis ». À la tête d’une bande de surhommes génétiquement améliorés, Khan menace l’Univers entier…
Le capitaine Kirk et son équipage volent l'USS Enterprise pour tenter de récupérer le corps de Spock, qui s'est sacrifié lors du combat contre Khan.
En 2287, le capitaine Kirk et son équipage prennent sur Terre des vacances bien méritées... Mais lorsqu'ils apprennent que le Vulcain Sybok, demi-frère de Spock, vient de prendre en otage des diplomates venus cohabiter sur la planète Nimbus III, nos héros remontent à bord de l'Enterprise...
Alors que Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'USS Enterprise escortent le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence où il doit signer un accord de paix avec l'Empire klingon, leur vaisseau est attaqué et le chancelier est abattu. Chang, un général Klingon, accuse Kirk, qu'il envoie en compagnie de McCoy sur l'astre de glace Rura Penthe. Spock ne dispose que de quelques jours pour sauver son ami et rétablir la paix menacée.
Avec l'aide du capitaine Kirk, présumé mort depuis longtemps, le capitaine Picard doit arrêter un scientifique dérangé prêt à assassiner à l'échelle planétaire pour entrer dans une matrice spatiale.
XXIVe siècle. Alors que l'Enterprise patrouille au fond de la galaxie, le capitaine Picard et ses hommes reçoivent un message de détresse : les terribles Borg, mi-hommes mi-machines, sont en train d'attaquer la Terre afin de changer l'histoire de l'Univers. Pour les contrer, une seule solution : les suivre et remonter le temps avec eux, trois siècles en arrière, à l'heure du premier contact avec les Vulcains...
Lorsque l'équipage de l'Enterprise apprend qu'il existe une conspiration de la Fédération contre les habitants d'une planète unique, le capitaine Picard commence une rébellion.
Le vaisseau Enterprise est redirigé vers la planète mère romulienne Romulus, sous prétexte que ces derniers veulent négocier un traité de paix. Le capitaine Picard et son équipage découvrent une grave menace pour la Fédération lorsque le préteur Shinzon prévoit d'attaquer la Terre.
En 2122, le Nostromo, vaisseau de commerce, fait route vers la Terre avec à son bord un équipage de sept personnes en hibernation et une cargaison de minerais. Il interrompt soudain sa course suite à la réception d’un mystérieux message provenant d’une planète inexplorée. Réveillé par l’ordinateur de bord, l’équipage se rend sur place et découvre les restes d’un gigantesque vaisseau extraterrestre dont le seul passager semble être mort dans d’étranges circonstances…
En l'an 10191, la substance la plus importante est l'Épice. Elle ne se trouve que sur une seule planète, Arakis, connue aussi sous le nom de Dune. La famille Atréide vient à gouverner cette planète mais son ennemi, la dynastie des Harkonnen lui tend un piège dès son arrivée. Paul, le fils du Duc Leto Atréide se réfugie alors dans le désert avec sa mère et y rencontre les Fremens, peuple caché dans le désert attendant l'arrivée d'un Messie...