Le conflit planétaire qui oppose les Kaiju, créatures extraterrestres, aux Jaegers, robots géants pilotés par des humains, n’était que la première vague d’une attaque massive contre l’Humanité. Jake Pentecost, un jeune pilote de Jaeger prometteur dont le célèbre père a sacrifié sa vie pour sauver l’Humanité des monstrueux Kaiju a depuis abandonné son entraînement et s’est retrouvé pris dans l’engrenage du milieu criminel.
2 ans après avoir choisi sa vie de super-héros, Peter Parker ne parvient plus à gérer sa double vie. Il perd son boulot, Mary-Jane sait qu'elle ne peut plus compter sur lui, et ses études prennent le même chemin. Il décide de raccrocher le costume de Spiderman. Son ami Harry lui présente un ami de son professeur de science, le bienveillant docteur Otto Octavius sur lequel il doit rédiger un mémoire. Celui-ci travaille sur la fusion qu'il croit pouvoir contrôler. Mais une démonstration de ses recherches tourne mal, et le docteur se voit doter de 4 membres mécaniques supplémentaires greffés sur sa colonne vertébrale et qui prennent le contrôle de son esprit…
Peter Parker a retrouvé un équilibre de vie et il veut se marier avec Mary Jane. Pendant une nuit au parc, alors que Peter et Mary Jane sont ensemble, une petite météorite tombe tout près du lieu où ils se trouvent, et une particule s'en échappe, libérant, en éclatant, une matière visqueuse, la Venom, qui s'attache à la mobylette de Peter. Pendant ce temps, Flint Marko s'échappe de la prison où il était détenu pour cambriolage afin d'aller revoir sa fillette qui lui manque terriblement, mais dont il n'a pas le droit de s'approcher à cause de l'injonction d'éloignement obtenue contre lui par son ex-femme ; pendant sa fuite, il tombe dans un accélérateur de particules, qui fond son corps avec le sable et il devient l’Homme-Sable. Le meilleur ami de Peter, Harry Osborn, veut venger la mort de son père, et, croyant que Spider-Man est la cause de cette mort, l'attaque.
Au XXIVe siècle, une fédération musclée fait régner sur la Terre l’ordre et la vertu, exhortant sans relâche la jeunesse à la lutte, au devoir, à l’abnégation et au sacrifice de soi. Mais aux confins de la galaxie, une armée d’arachnides se dresse contre l’espèce humaine et ces insectes géants rasent en quelques secondes la ville de Buenos‐Aires. Cinq jeunes gens, cinq volontaires à peine sortis du lycée, pleins d’ardeurs et de courage, partent en mission dans l’espace pour combattre les envahisseurs. Ils sont loin de se douter de ce qui les attend.
À quelques jours du début de la saison estivale, les habitants de la petite station balnéaire d'Amity sont mis en émoi par la découverte sur le littoral du corps atrocement mutilé d'une jeune vacancière. Pour Martin Brody, le chef de la police, il ne fait aucun doute que la jeune fille a été victime d'un requin. Il décide alors d'interdire l'accès aux plages mais se heurte à l'hostilité du maire uniquement intéressé par l'afflux des touristes. Pendant ce temps, le requin continue à semer la terreur le long des côtes et à dévorer les baigneurs…
Amity, la désormais célèbre station balnéaire américaine, prépare fébrilement les fêtes de Noël. Ellen Brody, dont le mari a été dévoré par un requin, apprend à vivre seule. Il ne lui reste plus que ses deux fils, Michael, installé avec sa famille aux Bahamas, et Sean, qui doit bientôt se marier. Celui-ci, qui a remplacé son père au poste de shérif, part en mer pour déplacer une balise. Il est tué par un requin. Ellen, désespérée, pense que les siens sont maudits. Michael invite sa mère à venir vivre auprès de sa famille. Elle accepte et part le rejoindre. Là, loin d'Amity, elle oublie un peu ses angoisses grâce à Hoagie, un pilote d'avion jovial qui lui fait visiter l'archipel. Mais la réalité la rattrape…
Une soucoupe volante atterrit en pleine nuit près de Los Angeles. Quelques extraterrestres, envoyés sur Terre en mission d’exploration botanique, sortent de l’engin, mais un des leurs s’aventure au-delà de la clairière où se trouve la navette. Celui-ci se dirige alors vers la ville. C’est sa première découverte de la civilisation humaine. Bientôt traquée par des militaires et abandonnée par les siens, cette petite créature apeurée se nommant E.T. se réfugie dans une résidence de banlieue. Elliot, un garçon de dix ans, le découvre et lui construit un abri dans son armoire. Rapprochés par un échange télépathique, les deux êtres ne tardent pas à devenir amis. Aidé par sa sœur Gertie et son frère aîné Michael, Elliot va alors tenter de garder la présence d'E.T. secrète.
Une immense soucoupe volante envahit le ciel terrestre, libérant un nombre infini de plus petites soucoupes qui prennent position au-dessus des plus grandes villes du monde. Un informaticien new-yorkais décrypte les signaux émanant des étranges voyageurs. Ils ne sont pas du tout amicaux et ces extraterrestres se préparent à attaquer la Terre.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l'un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés provenant d'un certain Morpheus. Celui‐ci l'exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu'est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n'est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l'Élu, le libérateur mythique de l'humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…
Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l’immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d’aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d’homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard…
En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, n’a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d’un crime étrange impliquant des extraterrestres, l’agence découvre l’existence d’un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l’apparence d’un top‐model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n’a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.