Jason Bourne vit tranquillement maintenant. Mais le département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence : Moscou, Paris, Madrid, Londres, Tanger et New York.
Dans la Grèce contemporaine, les forces libérales s'opposent, de façon latente ou ouverte, au pouvoir. C'est dans ce climat tendu que débute le film, au moment où un groupe d'avocats et de militants libéraux ont organisé un meeting où parlera leur chef, le député Z.
Injustement condamné par la cour martiale, le général Irwin est tenu responsable de la mort de huit soldats. Il doit donc purger une peine dans une prison militaire de haute sécurité appelée « Le Château ». Le colonel Winter, qui dirige ce centre de détention, veille à ce qu'Irwin n'ait droit à aucun privilège quel qu'il soit. Au grand étonnement de ce dernier, les autres prisonniers se mettent à le respecter et à le saluer comme le ferait un soldat à son général, et ce, même si son grade est tombé en désuétude. Winter voit rouge : il ne tolère pas de voir contester son autorité et ses méthodes dictatoriales. Avec l'aide de ses compagnons de cellule, Irwin va mettre en place sa propre armée pour organiser une véritable insurrection et ainsi piéger le directeur du « Château ».
Une jeune femme, libre et indépendante, passagère d'une voiture-couchettes du train phocéen de nuit Marseille-Paris est retrouvée étranglée. L'enquête est confiée à la police judiciaire, à l'inspecteur Grazziani et son jeune assistant Jean-Lou Gabert. Alors qu'ils s'emploient à retrouver les autres occupants du même compartiment pour les auditionner, ceux-là sont assassinés tour à tour. Le commissaire Tarquin somme les inspecteurs de mettre fin rapidement à cette vague de crimes. Détail étrange : le tueur est plus rapide que la police pour retrouver ses potentielles victimes, les cinq occupants survivants du compartiment. Qui est l'assassin ?
Riyad (Arabie Saoudite). Un attentat des plus sanglants jamais perpétrés contre des Occidentaux fait plus 100 morts et 200 blessés parmi les employés de la société pétrolière Gulf Oasis et leurs familles. Tandis que les bureaucrates de Washington discutent "droit d'ingérence" et "territorialité", l'agent du FBI Ronald Fleury et les membres de sa section d'intervention négocient un discret voyage de cinq jours en Arabie Saoudite pour identifier le cerveau de l'attentat. Dès leur arrivée au Royaume, Fleury et les siens sont confrontés à l'hostilité des Saoudiens, qui prétendent mener seuls l'enquête. Entravés par un protocole tatillon et pressés par le temps, les quatre agents comprennent qu'ils doivent gagner au plus tôt la confiance de leurs homologues saoudiens, aussi décidés qu'eux à retrouver les terroristes...
En décembre 1935, le célèbre train de l'Orient-Express quitte Istanbul à destination de Calais, qu'il atteindra au terme de trois jours de voyage. Pressé de rentrer à Londres, Hercule Poirot, le détective belge, a pu trouver une place au tout dernier moment. Le train s'ébranle. L'un des passagers, Ratchett, un riche Américain, vient trouver Hercule Poirot et lui raconte qu'une terrible menace pèse sur sa propre personne. Au matin, Ratchett est retrouvé mort, le corps lardé de coups de couteau. L'assassin est forcément parmi les voyageurs puisque le wagon à destination de Calais est verrouillé et séparé du reste du train. C'est alors qu'Hercule Poirot entre véritablement en scène, à la recherche du moindre indice qui lui permettrait de retrouver la trace du meurtrier…
Le détective noir John Shaft enquête sur la mort du frère de sa maîtresse, tué par son associé pour une histoire de loterie clandestine. Le voilà à nouveau plongé dans les bas-fonds de Harlem, au cœur du monde de la drogue, de la prostitution et du crime..