L'International Psychic Power Group est une organisation secrète financée par les Nations Unies. Composée de surhommes clairvoyants sous le couvert du Centre international de recherche sur la pollution, elle mène une guerre privée contre des ennemis qui menacent la paix mondiale et l'anéantissement total de la race humaine. Alors que l'hostilité entre l'Est et l'Ouest atteint un point d'ébullition, quatre délégués d'Europe de l'Est sont assassinés à bord de l'Express international Milan-Genève alors qu'ils se rendent aux Nations Unies pour le Comité de médiation des différends internationaux. Le Premier ministre baltonien est le prochain à être ciblé pour être éliminé. Un assassin psychique impitoyable nommé Goro traque les sauveurs psychokinétiques, eux-mêmes marqués à mort par un groupe anti-ESPY dirigé par l'insidieux et surhumain Ulrov, qui prévoit de détruire l'humanité en déclenchant la troisième guerre mondiale.
En 2075, les colonies humaines installées dans l'espace sont constamment attaquées par des extraterrestres. Une agence secrète du gouvernement travaille sans relâche à la construction d'une arme au pouvoir de destruction inégalé pour se débarrasser de ces hostiles aliens. À la tête de ce projet se trouve l'éminent scientifique Spencer Olham. Un matin, Spencer se rend à l'agence. Mais on lui refuse l'accès à son laboratoire et le dirigeant Hathaway lui annonce qu'il est arrêté pour haute trahison. Spencer se retrouve emprisonné avant même d'avoir eu le temps de réagir. Il est soupçonné d'être un extraterrestre imposteur qui a pris l'apparence physique d'un être humain. Spencer nie en bloc. Profitant d'un relâchement de la sécurité, il parvient à s'enfuir et se retrouve en cavale. Il ne peut faire confiance à personne.
Californie, 2008. Une attaque nucléaire a précipité l'Amérique dans la 3e Guerre Mondiale. Face à la pénurie de carburant, la compagnie US-IDent élabore un générateur d'énergie inépuisable, qui altère la réalité et va bouleverser les vies de l'acteur Boxer Santaros, de l'ex-star du X Krysta Now et des frères jumeaux Roland et Ronald Taverner, dont le destin se confond avec celui de l'Humanité tout entière...
Un agent secret des années soixante est sorti du cryofreeze pour s'opposer à son plus grand ennemi des années quatre-vingt-dix, où ses attitudes sociales sont carrément déplacées.
Le Dr Evil est de retour avec une nouvelle machine à remonter le temps, qui lui permet d'aller dans les années 1960 et de voler le mojo d'Austin Powers, le privant ainsi de ses parties de jambes en l'air.
Après avoir appris que son père a été enlevé, Austin Powers doit se rendre en 1975 et vaincre le méchant et bien nommé Goldmember, et qui travaille avec le Dr Evil.
Jimmy Tong travaille comme chauffeur de taxi dans la grande ville de New York. Un jour, il a pour passager le millionnaire Clark Devlin, également agent secret. Ce dernier engage Jimmy comme chauffeur personnel à une condition : que celui-ci ne touche jamais à son smoking.
Dr Drakken sait bien que son tout nouveau plan démoniaque pour conquérir le monde ne pourra fonctionner que si Kim est hors d'état de nuire. Il tente donc de trouver le point faible la jeune fille et s'aperçoit tout naturellement qu'elle n'est pas insensible au charme d'Eric, le nouveau du lycée...
Dom Cobb est un voleur expérimenté, le meilleur dans l'art dangereux de l'extraction, voler les secrets les plus intimes enfouis au plus profond du subconscient durant une phase de rêve, lorsque l'esprit est le plus vulnérable. Les capacités de Cobb ont fait des envieux dans le monde tourmenté de l'espionnage industriel alors qu'il devient fugitif en perdant tout ce qu'il a un jour aimé. Une chance de se racheter lui est alors offerte. Une ultime mission grâce à laquelle il pourrait retrouver sa vie passée mais uniquement s'il parvient à accomplir l'impossible inception.