Chronique des épreuves et des tribulations d'Oribe, le successeur du maître de thé Rikyu, Usu, son jardinier et de la princesse Goh, qui tentent d'équilibrer expression artistique et devoir au milieu des intrigues politiques dans le Japon féodal.
L'histoire se déroule vers 1650, après la mort du troisième shogun Tokugawa, lorsque les rônins ont été expulsés d'Edo, la capitale militaire. Pendant l'instabilité politique qui suit la mort d'Iemitsu Tokugawa, le clan ninja Iga de Hanzo se bat contre le clan Koga, alors que diverses factions rivalisent pour prendre le pouvoir. L'enfant shogun Ietsuna est kidnappé, mais il s'avère qu'il est caché sous le nez de tout le monde dans une tourelle de château qui est gardée par un méchant de bande dessinée, le ninja noir cracheur de feu. Le bon ninja doit déjouer tous les pièges et sauver l'enfant.
Bob Harris, acteur sur le déclin, se rend à Tokyo pour tourner un spot publicitaire. Il a conscience qu'il se trompe - il devrait être chez lui avec sa famille, jouer au théâtre ou encore chercher un rôle dans un film -, mais il a besoin d'argent. Du haut de son hôtel de luxe, il contemple la ville, mais ne voit rien. Il est ailleurs, détaché de tout, incapable de s'intégrer à la réalité qui l'entoure, incapable également de dormir à cause du décalage horaire. Dans ce même établissement, Charlotte, une jeune Américaine fraîchement diplômée, accompagne son mari, photographe de mode. Ce dernier semble s'intéresser davantage à son travail qu'à sa femme. Se sentant délaissée, Charlotte cherche un peu d'attention. Elle va en trouver auprès de Bob...
Au Japon, au XIXe siècle, Zatoichi est un voyageur aveugle gagnant sa vie comme joueur professionnel et masseur. Mais derrière son humble apparence, il est un redoutable combattant, rapide comme l'éclair et dont les coups s'avèrent d'une stupéfiante précision. Alors qu'il traverse la montagne, il découvre une petite ville entièrement sous la coupe d'un gang. Son chef, Ginzo, se débarrasse de tous ceux qui osent se dresser sur son chemin, d'autant plus efficacement qu'il a engagé un redoutable samouraï ronin, Hattori. Dans un tripot, Zatoichi rencontre deux geishas, aussi dangereuses que belles. Okinu et sa sœur Osei vont de ville en ville à la recherche du meurtrier de leurs parents. Elles possèdent pour seul indice un nom mystérieux : Kuchinawa. Dès que les hommes de main de Ginzo croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable et sa légendaire canne-épée rentre en action.
Kyoto, au XIe siècle. Sous le portique d'un vieux temple en ruines, Rashômon, trois hommes s'abritent de la pluie. Les guerres et les famines font rage. Pourtant un jeune moine et un vieux bûcheron sont plus terrifiés encore par le procès auquel ils viennent d'assister. Ils sont si troublés qu'ils vont obliger le troisième voyageur à écouter le récit de ce procès : celui d'un célèbre bandit accusé d'avoir violé une jeune femme et tué son mari, un samouraï. Le drame a eu lieu dans la forêt à l'orée de laquelle est situé le portique de Rashômon. L'histoire est simple : Qui a tué le mari ? Le bandit Tajomaru, la femme, un bûcheron qui passait ou le mari lui-même qui se serait suicidé ? Autant d'hypothèses vraisemblables. Mais les dépositions des témoins devant le tribunal apportent à chaque fois une version différente du drame, et la vérité ne percera qu'après de nouvelles révélations surprenantes...
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Quelques années avant la Seconde Guerre mondiale, Chiyo, une petite fille japonaise, est arrachée à sa famille pauvre pour aller travailler comme servante dans une maison de geishas. En grandissant, elle se plie avec docilité à l'initiation difficile qui fera d'elle une vraie geisha. Elle triomphe des pièges que lui tend sa rivale, la fourbe Hatsumomo et devient, après des années de travail, la légendaire geisha Sayuri. Très belle, épanouie dans son art, Sayuri fascine les hommes les plus puissants. Mais celle qui n'a plus le droit d'aimer reste hantée par l'amour qu'elle porte, en secret, au seul homme qu'elle ne peut atteindre...
Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.