Dolls regroupe trois histoires d'amour inspirées d'un spectacle de poupées du théâtre Bunraku.Dans la première, Matsumoto et Sawako forment un couple heureux, mais les pressions exercées par leurs deux familles vont les forcer à faire un choix tragique.Dans la deuxième, Hiro, un chef yakuza, retourne dans un parc où il avait l'habitude de voir sa petite amie, et se souvient... Trente ans plus tôt, il était un pauvre ouvrier et s'est retrouvé forcé de se séparer de la jeune fille pour intégrer le milieu du crime.Dans la troisième, Haruna, dont le visage est recouvert de bandages, passe le plus clair de son temps à regarder la mer. Peu de temps auparavant, elle était une star de la musique, habituée à signer des autographes et à se montrer à la télévision. Nukui est sans aucun doute son plus grand fan et aujourd'hui, il compte bien le lui prouver.
Akira Tachibana est une lycéenne qui travaille à mi-temps dans un restaurant. Elle est secrètement amoureuse du gérant du restaurant, Masami Kondo, un homme de 45 ans, divorcé et père d'un enfant. Pour comprendre ce sentiment qui se développe chez Akira, il faut remonter à l’époque où elle était membre du club d’athlétisme. Une blessure à la cheville lui avait alors brisé ses rêves de gloire. C’est au moment où elle était encore dans le deuil de sa passion sportive qu’elle a rencontré Masami…
Quatre frères et soeurs vivent avec leur mère. L'ainé, Akira, s'occupe de ses jeunes frères et soeurs, chacun d'un père différent. Un matin d'hiver, leur mère disparaît et les enfants commencent à vivre seuls.
Un soir, seules à la maison, deux lycéennes se font peur en se racontant une mauvaise blague. Une étrange rumeur circule à propos d'une cassette vidéo qui, une fois visionnée, déclenche une terrible malédiction : une mort annoncée sept jours plus tard. Après le décès de sa cousine Tomoko Oishi, Reiko Asakawa, une jeune journaliste, enquête, mais très vite le maléfice la rattrape.
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.
En 1590, le puissant seigneur de guerre Toyotomi Hideyoshi est sur le point de réaliser son ambition d'unifier tout le Japon sous sa bannière lorsqu'il rencontre une résistance inattendue sous la forme d'une forteresse flottante connue sous le nom de château d'Oshi. Narita Nagachika, un hédoniste frivole et candidat improbable au poste de général rebelle, se retrouve chargé de défendre le château. Ses cotes ? Une armée de 500 hommes pour combattre l'armée de 20 000 de Toyotomi Hideyoshi.
Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.