L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.
Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Étant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans lequel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la rencontre d'un étrange garçon qui lui demande de signer un contrat. Tout se passe bien durant quelques temps jusqu'au jour où durant la nuit, son dortoir se fait attaquer par des monstres. C'est ainsi qu'il découvre que les seuls élèves du dortoir ont la possibilité d'invoquer leurs Persona, une entité représentant leur inconscient. Il apprendra alors plus tard que sa Persona lui permet de combattre ces monstres appelés « Shadow » qui n'apparaissent que durant la « Dark Hour ». Une heure située entre 00h00 et 01h00 dans laquelle seules des personnes avec le potentiel d'invoquer leurs Persona peuvent y être actifs, la plupart de la population se transforme alors en cercueil.
Mirai Fukuin (littéralement : L'évangile de l'avenir / The Future's Gospel) est une histoire parallèle de la série de nouvelles Kara no Kyoukai. Elle est divisée en deux parties. L'anneau de Möbius. Deux physiciens, Shizune Seo et Mitsuru Kamekura, peuvent prévoir le futur. Shizune était malade de sa vie prévisible et ennuyeuse et Meruka deveint un artificier professionnel, tirant avantage de son pouvoir surnaturel. Quand Shizune rencontra Mikiya et quand Meruka rencontra Shiki, leur futur immuable commenca à changer. Le lien Möbius. Se passe dix ans après les événements de Kara no Kyoukai, Ryougi Mana, la fille de Shiki, passe la journée avec Mitsuru Kamekura.
Après avoir forcé l'ancien chef des chevaliers à se suicider, Shin est promu commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Pendant ce temps, l'unité « W-Zero » tombe dans une embuscade dirigée par Shin, le frère d'Akito. Mais ce dernier parvient, grâce à son pouvoir du Geass, à repousser l'assaut adverse… Au même moment, un étrange convoi entre en gare de St Petersbourg avec à son bord un homme dont le visage reste caché. Qui est donc ce mystérieux personnage ? Akito arrivera-t-il a déchaîner son pouvoir du Geass contre son frère ?
Homura Akemi est la seule personne à se souvenir encore de Madoka après le sacrifice de cette dernière. Elle a échoué dans la mission qu'elle s'était imposée mais n'a pas abandonné l'espoir de revoir son amie. Pour survivre, elle continue donc le combat.
Après une catastrophe écologique, la terre se trouve séparée en 2 mondes inversés ignorant tout l'un de l'autre. Dans le monde souterrain, Patéma, 14 ans, adolescente espiègle et aventurière rêve d'ailleurs. Sur la terre ferme, Age, lycéen mélancolique, a du mal à s'adapter à son monde totalitaire. Le hasard va provoquer la rencontre des 2 adolescents en défiant les lois de la gravité.
Ghost in the Shell : Arise est un ensemble de 4 films qui racontent l'histoire de Mokoto Kusanagi et de comment elle a rejoint la section 9. On la découvre plus jeune, depuis sa précédente occupation jusqu'au recrutement de l'ensemble des membres de son équipe. Celui ci est la suite directe de Ghost in the Shell: Arise - Border
Ce premier spécial relate le début de la série Mobile Suit Gundam SEED jusqu'à l'épisode 21. Après que Zaft ait volé les prototypes Gundam, Kira et ses amis se retrouvent embarqués sur l'Archangel, et Kira est obligé de combattre pour les protégés.
Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d'univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses sentiments, Kurisu doit faire le choix entre ne pas remonter dans le temps comme celui-ci le lui a demandé, ou tenter de le sauver malgré les conséquences que cela pourra entraîner sur le monde.