Alors qu'il approche de la virilité, Ben Meechum a du mal à gagner l'approbation de son père mâle alpha exigeant, un pilote de marine agressif mais frustré.
En 1923, Kim Shun, un jeune paysan, quitte son île natale, au sud de la Corée, et débarque en bateau à Osaka, au Japon. Son obsession : faire fortune. En soixante ans, cet homme aussi brutal que charismatique connaîtra la richesse et le pouvoir, mais se condamnera à la solitude, puisqu'il n'aime que ce qu'il a détruit.
Akiko, une belle veuve, est liée d'une profonde affection à sa fille Ayako. Elle s'inquiète du célibat prolongé de cette dernière. Ayako, en effet, refuse de quitter sa mère et éconduit tous ses prétendants. Trois vieux amis de la famille, qui, jadis, furent tous amoureux d'Akiko, méditent de marier Ayako au plus vite. Enfin seule, Akiko pourrait alors épouser l'un d'eux. C'est ainsi que la jeune récalcitrante rencontre, sous les auspices d'un prétendu hasard, le soupirant que les trois conspirateurs lui destinent, Goto…
À la fin du 16ème siècle, après la mort de Nobunaga Oda, Hideyoshi Toyotomi prend le pouvoir. La guerre est sur le point de se terminer, mais le pouvoir de Hideyoshi Toyotomi rend la vie difficile pour les gens. Le moine Senko Ikenobo est un maître de l'arrangement floral. Il prie pour la paix dans le monde et essaie de donner de l'espoir aux gens avec son art. Il devient ami avec Rikyu qui est un moine et un politicien. Rikyu est contraint au hara-kiri sur ordre de Hideyoshi Toyotomi. Senko Ikenobo défie Hideyoshi Toyotomi.
A la suite du décès de son père, le petit Cédric Errol quitte les Etats-Unis pour aller vivre avec son grand-père, le comte de Dorincourt. Homme orgueilleux et austère, il impose à son petit-fils l'éducation due à son rang ainsi que le titre de Lord Fauntleroy.
Une série de suicides énigmatiques. Tous concernent des jeunes filles sans histoire, tous ont lieu dans un immeuble abandonné, tous semblent inexplicables. Alors que la police tente d'élucider le mystère, la seule justification possible pour la population résiderait dans la présence d'un fantôme sur les lieux des crimes. C'est dans ces circonstances troublantes qu'Aozaki confie l’enquête à Shiki.
Une série de meurtres mystérieux. Toutes les victimes ont été sauvagement assassinées, tous les corps sont mutilés, tous les crimes semblent être commis par un étudiant. L'oncle de Kokutou est en charge de l'enquête, mais au fur et à mesure de son investigation, il découvre que son neveu est plus proche du meurtrier qu'il n'y parait.
Une série de massacres. Tous concernent de jeunes délinquants trempant dans la drogue et autres sordides activités, toutes les victimes sont affreusement dénaturées, toutes les pistes ne mènent nulle part... Mais Shiki et Kokutou ne tardent pas à faire le lien avec un crime d'un tout autre genre, celui du viol d'une jeune fille prénomée Asagami Fujino.
Une série de révélations. Le passé de Shiki se dévoile peu à peu. Suite à une tentative de suicide, elle est hospitalisée. Pendant des mois, elle reste plongée dans un coma profond. Dans son combat contre la mort, Shiki lutte pour sauver ses deux personnalités. A son réveil, elle est plus seule que jamais car désormais elle possède un terrible don qui lui permets de voir ...La Mort.
Une série de répétitions, un couple assassiné, une affaire étouffée. Shiki se rend sur les lieux du meurtre. elle y rencontre Tomoe Enjô, le meurtrier en cavale, qu’elle décide d’héberger. Shiki et Enjô, ces deux âmes esseulées se lient d’amitié et décident d’élucider le mystère autour du crime d’Enjô. Ils découvrent que l’immeuble où le meurtre a eu lieu fait partie intégrante du puzzle. sur place, un autre mystère surgit en la personne d’Araya Sôren, un ami de longue date d’Aozaki.
Le pays est en proie au désordre, des gangs errent dans la capitale. Valushka, un postier, s'extasie sur le miracle de la création et se bat contre l'obscurantisme. Dans un café, il tente d'entraîner les clients ivres dans ses visions cosmologiques, puis, à travers la ville, chez Monsieur Eszter, un vieil homme occupé à accorder un piano pour retrouver l'harmonie du clavecin qui a été brisée par l'invention Werckmeister.