Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
L'histoire se déroule vers 1650, après la mort du troisième shogun Tokugawa, lorsque les rônins ont été expulsés d'Edo, la capitale militaire. Pendant l'instabilité politique qui suit la mort d'Iemitsu Tokugawa, le clan ninja Iga de Hanzo se bat contre le clan Koga, alors que diverses factions rivalisent pour prendre le pouvoir. L'enfant shogun Ietsuna est kidnappé, mais il s'avère qu'il est caché sous le nez de tout le monde dans une tourelle de château qui est gardée par un méchant de bande dessinée, le ninja noir cracheur de feu. Le bon ninja doit déjouer tous les pièges et sauver l'enfant.
En 1590, le puissant seigneur de guerre Toyotomi Hideyoshi est sur le point de réaliser son ambition d'unifier tout le Japon sous sa bannière lorsqu'il rencontre une résistance inattendue sous la forme d'une forteresse flottante connue sous le nom de château d'Oshi. Narita Nagachika, un hédoniste frivole et candidat improbable au poste de général rebelle, se retrouve chargé de défendre le château. Ses cotes ? Une armée de 500 hommes pour combattre l'armée de 20 000 de Toyotomi Hideyoshi.