Un manchot nommé Cody se désespère de sa vie monotone sur la banquise. Perdu dans les immensités de l'Antarctique, il n'a qu'un rêve : devenir un champion de surf. Sur un coup de tête, Cody décide de tenter l'impossible. Avec l'aide d'un vieil entraîneur désabusé, il commence à suivre un entraînement…
Depuis la défaite de leur ennemi juré The Shredder, les liens se sont distendus entre Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Leur vieux gourou, le rat géant Splinter fait tout ce qu'il peut pour maintenir un semblant de cohésion au sein de cette tumultueuse équipe, et s'inquiète d'autant qu'il sent planer une lourde menace sur New York.De fait, le richissime industriel Max Winter est en train de lever une vaste armée de monstres aux fins de dominer le monde. Aidés de leurs fidèles comparses April O'Neil et Casey Jones, nos Tortues vont devoir livrer le plus féroce combat de leur vie en affrontant à nouveau le mystérieux clan des "Foot", recruté par le diabolique Winter...
Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l’origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l’utilise pour muter et décupler ses forces…
Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new‐yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d’affronter le terrible Shredder dont le but avoué est d’asservir le monde.
Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIᵉ siècle où, grâce à un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.