L'histoire se déroule vers 1650, après la mort du troisième shogun Tokugawa, lorsque les rônins ont été expulsés d'Edo, la capitale militaire. Pendant l'instabilité politique qui suit la mort d'Iemitsu Tokugawa, le clan ninja Iga de Hanzo se bat contre le clan Koga, alors que diverses factions rivalisent pour prendre le pouvoir. L'enfant shogun Ietsuna est kidnappé, mais il s'avère qu'il est caché sous le nez de tout le monde dans une tourelle de château qui est gardée par un méchant de bande dessinée, le ninja noir cracheur de feu. Le bon ninja doit déjouer tous les pièges et sauver l'enfant.
Au Japon, au XIXe siècle, Zatoichi est un voyageur aveugle gagnant sa vie comme joueur professionnel et masseur. Mais derrière son humble apparence, il est un redoutable combattant, rapide comme l'éclair et dont les coups s'avèrent d'une stupéfiante précision. Alors qu'il traverse la montagne, il découvre une petite ville entièrement sous la coupe d'un gang. Son chef, Ginzo, se débarrasse de tous ceux qui osent se dresser sur son chemin, d'autant plus efficacement qu'il a engagé un redoutable samouraï ronin, Hattori. Dans un tripot, Zatoichi rencontre deux geishas, aussi dangereuses que belles. Okinu et sa sœur Osei vont de ville en ville à la recherche du meurtrier de leurs parents. Elles possèdent pour seul indice un nom mystérieux : Kuchinawa. Dès que les hommes de main de Ginzo croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable et sa légendaire canne-épée rentre en action.
Kyoto, au XIe siècle. Sous le portique d'un vieux temple en ruines, Rashômon, trois hommes s'abritent de la pluie. Les guerres et les famines font rage. Pourtant un jeune moine et un vieux bûcheron sont plus terrifiés encore par le procès auquel ils viennent d'assister. Ils sont si troublés qu'ils vont obliger le troisième voyageur à écouter le récit de ce procès : celui d'un célèbre bandit accusé d'avoir violé une jeune femme et tué son mari, un samouraï. Le drame a eu lieu dans la forêt à l'orée de laquelle est situé le portique de Rashômon. L'histoire est simple : Qui a tué le mari ? Le bandit Tajomaru, la femme, un bûcheron qui passait ou le mari lui-même qui se serait suicidé ? Autant d'hypothèses vraisemblables. Mais les dépositions des témoins devant le tribunal apportent à chaque fois une version différente du drame, et la vérité ne percera qu'après de nouvelles révélations surprenantes...
Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.
Le dernier samouraï qui a dirigé une armée de 690 contre un ennemi de 50 000 - En 1867, le pouvoir politique est revenu à l'empereur et 260 ans du shogunat Tokugawa ont pris fin, entraînant la division des domaines soit en armée de l'Est, soit en armée de l'Est. Armée de l'Ouest. En 1868, la bataille de Toba-Fushimi déclencha la guerre de Boshin. Tsuginosuke Kawai, le principal vassal d'un petit domaine à Echigo appelé Nagaoka, a décidé de n'appartenir à aucune armée et de pratiquer la « neutralité armée ». La bataille était la norme à l'époque des samouraïs, mais il sentait fortement que la guerre n'était pas la solution et qu'elle ne pouvait pas protéger les citoyens.