Il s'agit d'un remontage du premier Godzilla pour le marché américain. Ce second montage minimise l’implication des essais nucléaires américains dans la création du monstre Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...
Le capitaine de police Wakabayashi doit faire face à une multiplication de meurtres étranges, car aucun témoin n'a vu l'agresseur. Seul un bourdonnement de mouche semble avoir été entendu juste avant que le meurtrier frappe ses victimes d'un coup de poignard dans le dos. Sans aucun indice, l'enquête piétine. Les investigations de Wakabayashi l'amène à découvrir que certaines victimes avaient un point commun : elles ont toutes été à l'armée au même endroit et il semblerait que des expériences militaires avaient lieu à l'époque, visant à pouvoir réduire la taille d'un humain à celle d'une mouche. Wakabayashi se demande si ces meurtres ont également un point commun avec les expériences menées par le docteur Hawakaya sur un rayon pouvant rendre invisible des objets...
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un Américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.
Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs...
Sur l'île de l'obélisque, un séisme fait s'écrouler une immense statue, ce qui révèle une grande caverne. Alors que les scientifiques l’explorent, ils découvrent un bébé reptile à l'intérieur. La créature est rapatriée au Japon où elle subit des tests divers. C’est alors que les parents du reptile capturé commencent à attaquer le Japon à la recherche de leur enfant.
Une explosion atomique réveille Gammera, un monstre géant tortue cracheur de feu de ses millions d'années d'hibernation.
Une voiture heurte un objet invisible; le sang se répand à partir d'une source invisible qui devient visible lorsque l'homme qui saigne, meurt. Il porte avec lui une note de suicide dédiée à son seul ami, qui est aussi un homme invisible. Un jeune reporter passionné traque Takemitsu Nanjo, un vétéran de la guerre qui gagne visiblement sa vie en se peignant le visage comme celui d'un clown et en portant des pancartes publicitaires. Son voisin préféré est une petite fille aveugle dont la mère se heurte à des gangsters locaux. Les gangsters terrorisent la ville en tant que "gang invisible", s'enveloppant dans des écharpes et des trench-coats afin d'être visibles pour leurs victimes, même s'ils sont censés être invisibles en dessous. Une fois qu'ils découvrent Nanjo, qui défend ses seuls amis, ils le battent et le laissent pour mort.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...