2 ans après avoir choisi sa vie de super-héros, Peter Parker ne parvient plus à gérer sa double vie. Il perd son boulot, Mary-Jane sait qu'elle ne peut plus compter sur lui, et ses études prennent le même chemin. Il décide de raccrocher le costume de Spiderman. Son ami Harry lui présente un ami de son professeur de science, le bienveillant docteur Otto Octavius sur lequel il doit rédiger un mémoire. Celui-ci travaille sur la fusion qu'il croit pouvoir contrôler. Mais une démonstration de ses recherches tourne mal, et le docteur se voit doter de 4 membres mécaniques supplémentaires greffés sur sa colonne vertébrale et qui prennent le contrôle de son esprit…
Peter Parker a retrouvé un équilibre de vie avec Mary Jane. Pendant une nuit au parc, alors que Peter et Mary Jane sont ensemble, une petite météorite tombe près du lieu où ils se trouvent, et laisse s'échapper une matière visqueuse qui s'attache discrètement à la mobylette de Peter. Pendant ce temps, Flint Marko s'échappe de prison, lors de sa fuite, il tombe dans un accélérateur de particules, qui fond son corps avec le sable. Le meilleur ami de Peter, Harry Osborn, veut venger la mort de son père, croyant que Spider-Man est responsable de son décès, il l'attaque.
Amity, la désormais célèbre station balnéaire américaine, prépare fébrilement les fêtes de Noël. Ellen Brody, dont le mari a été dévoré par un requin, apprend à vivre seule. Il ne lui reste plus que ses deux fils, Michael, installé avec sa famille aux Bahamas, et Sean, qui doit bientôt se marier. Celui-ci, qui a remplacé son père au poste de shérif, part en mer pour déplacer une balise. Il est tué par un requin. Ellen, désespérée, pense que les siens sont maudits. Michael invite sa mère à venir vivre auprès de sa famille. Elle accepte et part le rejoindre. Là, loin d'Amity, elle oublie un peu ses angoisses grâce à Hoagie, un pilote d'avion jovial qui lui fait visiter l'archipel. Mais la réalité la rattrape…
Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l’immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d’aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d’homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard…
En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, n’a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d’un crime étrange impliquant des extraterrestres, l’agence découvre l’existence d’un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l’apparence d’un top‐model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n’a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.
Quatre ans après le terrible fiasco de son Jurassic Park, le milliardaire John Hammond rappelle le Dr Ian Malcolm pour l'informer de son nouveau projet. Sur une île déserte, voisine du parc, vivent en liberté des centaines de dinosaures de toutes tailles et de toutes espèces. Ce sont des descendants des animaux clonés en laboratoire. D'abord réticent, Ian se décide à rejoindre le docteur quand il apprend que sa fiancée fait partie de l'expédition scientifique. Il ignore qu'une autre expédition qui n'a pas les mêmes buts est également en route.
En 2122, le Nostromo, vaisseau de commerce, fait route vers la Terre avec à son bord un équipage de sept personnes en hibernation et une cargaison de minerais. Il interrompt soudain sa course suite à la réception d’un mystérieux message provenant d’une planète inexplorée. Réveillé par l’ordinateur de bord, l’équipage se rend sur place et découvre les restes d’un gigantesque vaisseau extraterrestre dont le seul passager semble être mort dans d’étranges circonstances…
Une mystérieuse onde de chaleur, émanant du cœur de la banquise, se propage à travers l'Antarctique. Pour étudier ce phénomène, Charles Bishop Weyland finance une expédition scientifique pilotée par Alexa Woods. L'équipe découvre une pyramide renfermant des vestiges de civilisations aztèque, égyptienne et cambodgienne. Constituées d'un labyrinthe de « chambres », les issues se referment brutalement sur plusieurs membres de l'expédition. Des Predators retiennent captive une reine Alien dont ils livrent les descendants aux jeunes Predators lors de rituels.
En 1985, Marty McFly a retrouvé sa famille et sa petite amie après un voyage mouvementé dans le passé. Surgit alors Doc Brown, au volant de sa machine à explorer le temps. Il lui enjoint de le suivre dans le futur, en l'an 2015, pour secourir son fils tombé sous la coupe du sinistre Biff Tannen.
Un jour, un homme surgit de nulle part dans la gare centrale de New York. L'air avenant, les yeux dissimulés derrière d'épaisses lunettes noires, cet inconnu prétend être originaire d'une planète lointaine : K-Pax. Sourire aux lèvres, il se laisse embarquer sans résistance par la police, qui le conduit à la clinique psychiatrique de Manhattan. Le docteur Mark Powell, directeur de l'établissement, est un habitué des cas de dédoublement de personnalité. Mais le patient Prot l'intrigue et il veut en savoir davantage sur cet homme aux affirmations loufoques. Ce dernier s'accroche obstinément à son délire et brosse à qui veut l'entendre un tableau idyllique de K-Pax, ses mœurs pacifiques et son haut niveau culturel. Au fur et à mesure de ses entretiens, le docteur Powell en vient à se demander s'il n'y aurait pas un fond de vérité dans ses histoires d'extraterrestres.