Situé 10 ans après "Kids Return". Shinji et Masaru ont obtenu leur diplôme d'études secondaires avec des chemins différents dans leur vie. Shinji a tenté de devenir boxeur et Masaru un yakuza. Ils ont tous deux essayé de se hisser au sommet de leurs domaines respectifs.
Dolls regroupe trois histoires d'amour inspirées d'un spectacle de poupées du théâtre Bunraku.Dans la première, Matsumoto et Sawako forment un couple heureux, mais les pressions exercées par leurs deux familles vont les forcer à faire un choix tragique.Dans la deuxième, Hiro, un chef yakuza, retourne dans un parc où il avait l'habitude de voir sa petite amie, et se souvient... Trente ans plus tôt, il était un pauvre ouvrier et s'est retrouvé forcé de se séparer de la jeune fille pour intégrer le milieu du crime.Dans la troisième, Haruna, dont le visage est recouvert de bandages, passe le plus clair de son temps à regarder la mer. Peu de temps auparavant, elle était une star de la musique, habituée à signer des autographes et à se montrer à la télévision. Nukui est sans aucun doute son plus grand fan et aujourd'hui, il compte bien le lui prouver.
Daniel, le chauffeur de taxi dingue de vitesse, et Emilien, l'inspecteur de police inexpérimenté, se retrouvent à Paris. Le ministre de la défense japonais vient tester le savoir-faire hexagonal en matière de lutte antiterroriste et signer le contrat du siècle avec l'Etat français. Mais il est enlevé par des yakusas...
Divine se cache de la police et se fait appeler Babs Johnson. Elle vient d'emménager dans une caravane avec sa mère Edie, simple d'esprit qui ne vit que par amour des œufs, son fils Crackers, aux mœurs sexuelles particulières, et leur amie Cotton qui a tendance au voyeurisme. Ensemble ils mènent une vie tranquille, jusqu'au jour où Divine est nommée par un magazine « l'être vivant le plus dégoûtant de la planète ». C'est alors que Connie et Raymond Marble, un couple de fétichistes tout aussi abjects, empreints de jalousie, va chercher par tous les moyens à détrôner Divine...
Shiratori Tatsuhiko erre sans le sou dans les rues de Shinjuku lorsque son chemin croise par hasard celui de Mako, un influent recruteur travaillant pour la société Burst qui s'occupe de placer des filles dans des bars à hôtesses, des salons de massage ou des maisons closes. Sous l'aile de Mako, Tatsuiko fait ses premiers pas dans le milieu malgré sa réticence initiale. Manque de chance pour lui, il arrive en pleine période de rivalité exacerbée entre sa boite et un concurrent, la société Harlem. La situation dégénère rapidement, d'autant que Hideyoshi, un des meneurs de Harlem, semble avoir une rancœur personnelle vis-à-vis de Tatsuhiko.
Flic solitaire au grand cœur mais aux méthodes parfois musclées, l'inspecteur Hubert se retrouve en vacances forcées après avoir rossé le fils du préfet. Un jour, il reçoit le coup de fil d'un notaire qui lui annonce que Miko, la femme de sa vie disparue vingt ans auparavant, vient de mourir dans d'étranges circonstances. Seul légataire testamentaire, Hubert débarque au Japon, accueilli par son ancien équipier, pour découvrir ce dont il a hérité.
À la fin du XIXe siècle, l’assassinat d’un parrain respecté provoque une guerre de succession entre ses lieutenants. Le nouveau chef élu à la tête de la grande famille s’efforce d’atténuer les rivalités entre « conservateurs » et « modernistes » et de trouver une voie de compromis pour que survive son clan dans la nouvelle société qui s’annonce.