Au XVIe siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
Kyoto, au XIe siècle. Sous le portique d'un vieux temple en ruines, Rashômon, trois hommes s'abritent de la pluie. Les guerres et les famines font rage. Pourtant un jeune moine et un vieux bûcheron sont plus terrifiés encore par le procès auquel ils viennent d'assister. Ils sont si troublés qu'ils vont obliger le troisième voyageur à écouter le récit de ce procès : celui d'un célèbre bandit accusé d'avoir violé une jeune femme et tué son mari, un samouraï. Le drame a eu lieu dans la forêt à l'orée de laquelle est situé le portique de Rashômon. L'histoire est simple : Qui a tué le mari ? Le bandit Tajomaru, la femme, un bûcheron qui passait ou le mari lui-même qui se serait suicidé ? Autant d'hypothèses vraisemblables. Mais les dépositions des témoins devant le tribunal apportent à chaque fois une version différente du drame, et la vérité ne percera qu'après de nouvelles révélations surprenantes...
À la fin du 16ème siècle, après la mort de Nobunaga Oda, Hideyoshi Toyotomi prend le pouvoir. La guerre est sur le point de se terminer, mais le pouvoir de Hideyoshi Toyotomi rend la vie difficile pour les gens. Le moine Senko Ikenobo est un maître de l'arrangement floral. Il prie pour la paix dans le monde et essaie de donner de l'espoir aux gens avec son art. Il devient ami avec Rikyu qui est un moine et un politicien. Rikyu est contraint au hara-kiri sur ordre de Hideyoshi Toyotomi. Senko Ikenobo défie Hideyoshi Toyotomi.
Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…
Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort...
Tandis que le tonnerre gronde et que la pluie tombe, 3 000 soldats entourent la propriété du Rikyu, le maître de thé. Le chancelier Toyotomi Hideyoshi lui ordonne de se suicider selon les règles du rituel. Alors qu'il pense à sa mort, sa femme So-on lui parle ainsi : « Il y aura toujours quelqu'un dans tes pensées. » Ces mots rappellent à Rikyu qu'il tenait un secret caché depuis de nombreuses années. À l'origine, il était devenu le maître de thé du seigneur de guerre Oda Nobunaga. Mais un concours de circonstances avait causé la jalousie d'un certain Hideyoshi, jusqu'à enlever à Rikyu ce qu'il avait de plus cher au monde. Car dans sa jeunesse, Rikyu était un beau garçon qui profitait bien de la vie. Un jour, il fit la rencontre d'une jeune femme kidnappée d'origine coréenne. Attiré par sa grande beauté, il s'était dévoué à elle, toujours prêt à la protéger et surtout à l'aimer. Mais elle fut promise à un seigneur de la guerre, vouant leur amour à l'échec.
Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…