Japon 1860. Les samouraïs savent que leur caste va bientôt disparaître. Certains, comme Shimada, se concentrent sur l'enseignement de la " voie du sabre ". D'autres intriguent entre partisans de l'Empereur et nostalgiques du Shogun. Les autres se replient sur eux-mêmes, refusant la réalité, et se réfugient dans l'ultra-violence, le nihilisme absolu. C'est le cas du maître dévoyé Ryunosuke Tsukue. Sa botte secrète, la garde " Silence et Regard calme " le transforme en sabreur invincible. Tsukue assassine froidement le grand-père de la douce Omatsu. Lorsqu'il donne son accord pour un match d'exhibition dans son ancienne école d'escrime, la femme de son adversaire, connaissant sa réputation de guerrier imbattable et sanguinaire, le supplie de perdre délibérément le combat, offrant sa vertu en compensation. Ryunosuke accepte son offre mais tue le mari pendant le match...
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.
Au 17ème siècle au Japon, après la chute d'Osaka aux mains du Shogun Tokugawa Ieyasu, plusieurs survivants du clan Toyotomi essaient de mettre un jeune prince en sécurité. Ils sont trahis par d'autres survivants qui veulent s'enrichir sous prétexte de rétablir leur clan.
Kazamatsuri, un Ronin vient de voler le sabre ornemental offert par le shogun au clan Nagashima qu'il était pourtant supposé garder. Le chef du clan décide donc d'envoyer son fils Heishiro à la poursuite du Ronin. Déterminés mais inexpérimentés, Heishiro et ses deux amis vont vite déchanter...
Ryunosuke, aveugle, est pris en charge dans une auberge, par une femme sosie de Ohama, qu’il tuera aussi. Il rencontrera une veuve qui vend des médicaments dans la montagne de Kiso, et pense qu’il va enfin pouvoir vivre paisiblement.
En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs Shinobis du pays. Malheureusement, ils sont aussi ennemis depuis plusieurs siècles. Malgré tout, l'amour naît parmi la haine des combattants de ces villages. Oboro, du clan Iga, et Gennosuke, du clan Koga, se sont rencontrés, et aimeraient ne plus se séparer. Mais pour cela il leur faut trouver le moyen d'unifier leurs clans. C'est sans compter sur l'espoir du premier Shogun : afin de pacifier la région il organise un combat à mort entre les cinq meilleurs Shinobis des deux clans. Oboro et Gennosuke en sont les chefs. Les deux amoureux devront choisir.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.