L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».
Dans un immense laboratoire souterrain, ont lieu des recherches ultras secrètes, supervisées par des centaines de scientifiques. Lorsque l'alarme retentit, tout le monde croit à une simple simulation d'évacuation. Mais bientôt, l'horreur les rattrape. Un virus hautement mortel se propage à un rythme effréné dans les couloirs : en quelques minutes, il met fin à toute vie humaine. Au même moment, Alice se réveille dans un somptueux manoir. Ignorant comment elle a pu atterrir là, elle fait la rencontre de Matt, un policier. Avant même qu'ils n'aient pu trouver une explication logique à ces phénomènes étranges, un groupe d'intervention militaire, les S.T.A.R.S, débarque de nulle part et les oblige à les suivre. Ces derniers ont reçu l'ordre d'infiltrer le laboratoire et de neutraliser la Reine Rouge, le super-ordinateur devenu fou que l'on tient pour responsable du désastre.
Alice a survécu à l'effroyable cauchemar qui a dévasté le complexe scientifique ultra-secret d'Umbrella Corporation, mais elle n'est pas la seule à en être ressortie... Un virus mortel s'est abattu sur la ville de Raccoon et rien ne semble pouvoir lui échapper. Avec un groupe de survivants, Alice, dont le métabolisme a mystérieusement été modifié, doit affronter le pire. Certes, elle a gagné de nouveaux pouvoirs, elle est plus puissante, ses sens sont surmultipliés et sa dextérité est hallucinante, mais ça ne sera pas forcément suffisant... Elle est rejointe dans son combat par Jill Valentine, un ancien membre des forces spéciales d'Umbrella. Ensemble, elles vont tenter de résoudre les énigmes et faire face à une force maléfique, un ennemi absolu lancé sur leurs traces. Son nom ? Némésis. Son but ? Éliminer toute vie...
Au milieu du XXIe siècle. Lincoln Six Echo et Jordan Two Delta vivent dans une colonie humaine préservée de la mystérieuse catastrophe qui a ravagé la planète. Comme tous les autres colons, Lincoln souhaite échapper à cet univers stérile et surveillé pour gagner « l'Île », lieu mythique où règne la liberté.
L'astronaute Brent est envoyé au secours de Taylor, mais s'écrase à son tour sur la "planète des singes". Cherchant à retrouver son compagnon avec l'aide de Nova, il suit sa trace jusque dans la "zone interdite" où il découvre une société de mutants humains télépathes.
Cornélius et Zira parviennent à retourner vers le passé, et débarquent au 20e siècle à Los Angeles. Ils y subissent les mêmes tourments que Taylor sur la "planète des singes", et découvrent petit à petit quels événements conduiront à la fin de la civilisation humaine et à la domination simienne...
En 1990, les animaux domestiques et le personnel de service ont disparu au profit des singes-esclaves. Mais ces derniers se révoltent et prennent le pouvoir, sous l'impulsion de Caesar, le fils de Cornélius et Zira...
Sur la Terre dominée par des singes, Caesar, pacifique, doit affronter le général gorille Aldo. Mais une autre menace fait son apparition : des mutants commandés par le gouverneur Kolp.
Dans un pays indéfini, à une époque indéterminée, la lecture est rigoureusement interdite : elle empêcherait les gens d'être heureux. La brigade des pompiers a pour seule mission de traquer les gens qui possèdent des livres et de réduire ces objets en cendres. Guy Montag, pompier zélé et citoyen respectueux des institutions, fait la connaissance de Clarisse, une jeune institutrice qui le fait douter de sa fonction. Peu à peu, il est à son tour gagné par l'amour des livres.
Un vaisseau spatial transportant une quarantaine de civils est percuté par une météorite et se crashe sur une planète inconnue. Les membres de l’équipage périssent dans l’accident, à l’exception de Fry, une jeune pilote, et de quelques survivants. Parmi eux, un imam et ses disciples, un antiquaire, une géologue, une adolescente, le chasseur de Johns et Riddick, un criminel endurci en cours de transfert vers sa prison. Alors que le petit groupe tente de s’organiser sous un climat aride de jour perpétuel dominé par trois soleils, ils découvrent qu’une éclipse va bientôt frapper la planète, permettant à de monstrueuses créatures nocturnes de se mettre en chasse…
Une lourde menace pèse sur l’univers. Planète après planète, les féroces Necromongers étendent leur empire, ne laissant aux populations conquises qu’une alternative : se convertir ou mourir. Et c’est ainsi que le plus improbable sauveur de la galaxie est tiré de son exil et appelé à la rescousse…
Après avoir échappé à des créatures nocturnes meurtrières sur une planète inconnue, Imam et la jeune Jack sont rattrapés par de redoutables chasseurs de primes...