En faisant la chronique du voyage de Mary de l’adolescence à l’âge adulte et du passage de Max de la maturité à la vieillesse, Mary et Max explore un lien qui surmonte bien plus d’aléas qu’une amitié classique. Comme Harvie Krumpet, des mêmes auteurs, Oscar du meilleur court métrage d’animation, Mary et Max est un parcours à la fois hilarant et poignant à travers l’amitié, l’autisme, la taxidermie, la psychiatrie, l’alcoolisme, l’origine des bébés, l’obésité, la cleptomanie, les différences sexuelles, la confiance, l’accouplement des chiens, les différences religieuses, l’agoraphobie et bien d’autres surprises de la vie.
Vers la fin du 19ème siècle, en Australie. Jim Craig, devenu orphelin suite à un accident qui couta la vie à son père, se retrouve dans l'incapacité de reprendre la petite exploitation d'arbres et doit descendre dans la vallée pour trouver du travail. Ici, il se fait embaucher par un riche exploitant agricole, l'autoritaire Harrison, et ses relatioins avec son nouveau patron sont difficiles. La situation devient intenable lorsque Jim et Jessica, la fille de Harrison, s'éprennent l'un de l'autre.
Bartek vit dans un village de la région de Podhale, où il dirige une petite ferme et prend soin de sa mère solitaire. Un jour, il rencontre Dawid, un homme un peu plus âgé qui vient rendre visite à sa famille après de nombreuses années d’absence. L’affection se développe rapidement entre les deux, accentuée par le désir que Bartek a longuement refoulé pendant des années.