Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Un policier new-yorkais est chargé d'escorter à Osaka un criminel japonais. Rapidement, ce dernier s'échappe. Le représentant de l'ordre va alors avoir beaucoup de mal à le retrouver dans un pays dont il ignore les us et coutumes.
La guerre entre les clans Toyotomi et Tokugawa fait rage. Le sabreur Mohei, dont la famille a été entièrement décimée, est recruté par les Toyotomi pour venir à bout du siège du château d'Osaka. Les talents de casse-cou de Mohei seront mis à rudes épreuves.
Neri et son frère cadet Jo se font des centaines milliers de yens par nuit en trempant dans des affaires pas nettes. Ils mènent la grande vie jusqu'à ce qu'un jour, leurs fraudes leur retombent dessus...
Telle une fugueuse, Tsuyu déménage à Osaka pour travailler comme hôtesse de bar. Elle rencontre la propriétaire d'une école de mannequins, Yoko, et pense sérieusement à devenir modèle. Yoko lui dit qu'elle peut emménager chez elle pour prendre des cours, tout en gagnant sa vie en même temps.
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
Un tueur professionnel, plus connu sous le nom de "Fable" obéit aux ordres de son patron yakuza depuis son plus jeune âge. Sous les ordres de celui-ci, il est contraint, avec son équipière, de prendre une année sabbatique à Osaka pour apprendre à se comporter comme un citoyen ordinaire et promet de ne tuer personne pendant un an. Cependant, des membres de la mafia menacent sa nouvelle vie tranquille...