Alors que le mariage de Mr. Fantastic et de la femme invisible s'annonce comme l'événement de l'année, un mystérieux surfer d'argent surgit de l'espace et provoque d'étranges phénomènes sur la Terre. Rapidement, les quatre fantastiques vont découvrir le dessein secret de cet être aux pouvoirs surprenants et la menace qu'il fait peser sur notre planète, mais ils vont aussi voir ressurgir leur ennemi juré... Face au danger, amis et ennemis vont devoir unir leurs forces comme jamais...
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
La première navette spatiale commerciale pilotée par le commandant Over est en partance pour la Lune. Dès l’envol, déjà laborieux, les difficultés commencent. Malgré les efforts de sa responsable Elaine, l’ordinateur de bord devient fou. Ted, évadé d’un établissement psychiatrique et membre de l’équipage, prend désormais les commandes en main.
À Bucks County, en Pennsylvanie. Après la perte de sa femme, Graham Hess a rendu sa charge de pasteur. Tout en s'occupant de sa ferme, il tente d'élever de son mieux ses deux enfants, Morgan et Bo. Son jeune frère Merrill, une ancienne gloire du base-ball, est revenu vivre avec lui pour l'aider. Un matin, la petite famille découvre l'apparition dans ses champs de gigantesques signes et cercles étranges. Des extra-terrestres seraient-ils à l'origine de tels phénomènes surnaturels ? Graham et Merrill vont s'efforcer de percer le mystère qui entoure ces dessins.
Les villageois se sentent menaces par le château de Frankenstein, et décident de le faire sauter a la dynamite. Igor découvre dans les décombres, la créature du comte, enfermée dans du soufre endurci. Igor part avec le monstre un peu endommage, a la recherche de son créateur, afin qu'il puisse remettre son invention sur pied...
Le loup-garou a été réveillé par des pilleurs de tombes. L'idée de tuer des innocents les soirs de pleine lune pour l'éternité ne lui plaisant guère, il recherche le Dr Frankenstein pour trouver un moyen de mourir. Mais le docteur est mort, et il ne trouve que sa Créature, qui elle veut vivre...
Après la mort du baron Henry Frankenstein, son fils, Wolf, retourne habiter au manoir dont il a hérité avec sa famille. Alors que les villageois sont toujours terrifiés par les expériences jadis effectuées par son père, Wolf fait la rencontre d'Ygor, ancien assistant du baron qui lui demande de l'aider à faire renaître le monstre de son père.
Un savant fou, le Dr Niemann, s'échappe de l'asile. Aidé de son assistant, il ressuscite le conte Dracula, le loup-garou et la créature de Frankenstein, afin qu'ils l'aident à se venger de ceux qui l'ont enfermés.
À la fin du XXe siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...
C'est dans un laboratoire de campagne que le Baron Frankenstein (Peter Cushing), aidé par son assistant Hans (Sandor Eles), continue ses expériences, commencées et interrompues il y a quelques années. Tout se gâte lorsque le prêtre de l'endroit constate un vol de cadavre qui était exposé dans une cabane de paysan. Il investit le laboratoire où les savants sont en train de ranimer le cœur du cadavre. Constatant le travail du diable, il commence à détruire tout ce qui lui tombe sous la main. Frankenstein et Hans ne peuvent que s'enfuir. Ils s'enfuient à Karlstadt, château familial du Baron et lieu où ont débuté ses premières expériences.