Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale, à l'exception d'une ville fortifiée, Bregna, dirigée par une assemblée de scientifiques. Un groupe de rebelles vivant sous terre, les Monicans, emmené par The Handler envoie leur meilleur élément, Aeon Flux pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir en place.
